作ってから、更に言うとアップしてからも非常に時間が経ってしまったのですが一応アップロードしたので記録。私の統合牧場での最後のお仕事の動画をアップしました。 Avadis NGS の使い方〜ChIP-seq編〜 難しいプログラム書けなくたってよくあるタイプの NGS…
とりあえず半分くらいできたところでしょうか。 ソフト内で用いられているアルゴリズムについてどの程度まで解説を動画内に盛り込むべきかちょっと思案しています。 全部書くとそれだけで動画が終わる(し、そもそも私自身まだよくわかっていない部分もあり)…
画面キャプチャして、ちょこちょこっと吹き出しなど入れ始めました。 前回の RNA-seq 編とかぶる部分はビシバシとカット。 いずれにしてもここで働くのは今年度限り＝来週中には完成させないといけません。がんばろ。
Peak Detection の複数用意されているアルゴリズムを走らせてみた。三種類、というのは http://d.hatena.ne.jp/kishu_no_sue/20120221/1329815653 にあるとおりなのですが。Enrichment Region Detection →理屈は単純なので動作が速い。元々のデータを出した…
基本的に前回作った RNA-seq 編とかぶる部分(基本操作、クオリティチェック、フィルタリング、GO 解析など)は軽く触れる程度にして ChIP-seq に特に必要な操作に焦点を絞った動画にする予定。 つまりピーク検出やモチーフ探索の段に焦点を置いて、パラメータ…
motif detection のアルゴリズムを走らせてみたが何回やってもまともな結果がでない――と思っていたら、リファレンス配列を(本来 hg18 にマッピングされたデータであるにも関わらずに hg19 に)間違えていた。 参照される配列が全然違うのでそりゃぁまともなモ…
Avadis NGS には ChIP-seq データの peak detection のやり方について3つの方法が用意されている。ヘルプからそのまま引用すると、 Enriched Region Detection: The algorithm is very fast, but could identify regions where the positive and negative co…
今日は基本的に遺伝的アルゴリズムについて勉強して終わり。 モチーフ探索に使われている GADEM というアルゴリズムは遺伝的アルゴリズムと EM アルゴリズムを組み合わせたもののようなので。 機械学習の手法について勉強するといつも、上手いなあと思う反面…
Avadis-NGS ChIP-seq 編の下調べ。 このソフトではモチーフ探索用のアルゴリズムとして GADEM なるアルゴリズムを用いているようなのですが、それについて論文を読みあさってます。……しかしわからん(´・ω・｀) 遺伝的アルゴリズムが使われているようなのだが…
RNA-seq編も作ったしということで、次は Avadis-NGS ChIP-seq 編を作ろうかなどと考えています。 ChIP (クロマチン免疫沈降)とは何ぞやというとこのリンク先を見てもらうとして、この最後の「DNA断片の同定」を NGS で読み取ってリファレンス配列に当ててし…
Avadis NGS の使い方〜RNA-seq編〜 です。アップした時にログ書くのをすっかり忘れてました。 http://togotv.dbcls.jp/20111124.html"Avadis NGS" でググると拙ブログがかなり上位にヒットするという状況に若干のプレッシャーを感じないでもありません。 こ…
相談してだいたい筋書きも決めた.デモデータのダウンロードからはじめて,下準備-> Fold Change を見る-> GO 解析及びパスウェイ解析,で一本. GO 解析はいまいちだったのだが,パスウェイ解析の結果はデモデータとデフォルト設定のパラメータでもある程度妥当…
じゃあさてさて,このデモデータから何を見ようかと. まあひと通りやればいいわけですけど,思ったよりいろいろ癖がある.このソフトでは実験サンプルをグループ化したりした上で "Interpretation" というものを作ることができるのですが,なんだかこれがちょっ…
先日のエントリで触れた論文を引き続き読んでいたが,なんでこの論文では発現量について触れられていないんだろう,と思ったら,この論文でのリードのフィルタリングの方式とも関係するようで. この論文ではこれはPCR増幅産物の影響などを取り除き,擬陽性が出る…
Avadis NGS 動画,次は RNA-seq 編をつくろうと考えているのでその下調べ,構想練り中. Avadis NGS のサイトではソフトの試用のためのデモデータが提供されている(登録しないと見れないページ).そのデータは元々,論文"Detection of single nucleotide variatio…
単なる現実逃避に近いのだが,ジョイスの "Ulysses" だいぶ前に買ってみたのだが完全に書棚の肥やしというか漬物石というか,そのような状態であったこの小説の英語版を,パラパラとめくるなぞしている.. まだ最初の3ページ/全731ページ,まあもとより全て読破し…
できました. http://togotv.dbcls.jp/20110803.html思ったより時間がかかった…….まあよくある,ダウンロードする前にユーザー登録してねという方式ですが. この動画の後半,アノテーションデータのインポートに時間を割いたのは,これをやっておかないと,あとで…
とりあえず 導入編で一本 は作る予定.->でもって撮り始めています.あと考えているのは,ChIP-seq解析編とRNA-seq解析編の二つを作るとか. Avadis-NGSはワークフローが用意されているので,これに従ってやっていけば操作方法の解説と同時に大まかな解析の流れも…
今はまだ下調べ段階ですが. CLC の方がとにかくいろんなツールを入れてしまおうというようなスタンスなのに対して,こちらは名前の通り NGS データの解析にかなり特化しています. こちらにはマッピングの機能はついていません.マッピングまでは済ませた状態の…
CLC Workbench シリーズの使い方 〜基本操作編〜 http://togotv.dbcls.jp/20110627.html#p01CLC Genomics Workbench でショートリードのマッピングを行う http://togotv.dbcls.jp/20110628.html#p01です. CLC のこのソフトは一つの操作を覚えたらツールボッ…
とある授業で出たのでレポートにまとめたのだが,折角書いたものをそのままにしておくのも何となくもったいないので,こちらにも晒してみます. チューリングの論文には反応拡散方程式の解,振る舞いの分岐点について書かれているが,それらがどのように導かれる…
マッピングの解説の方のは一応一段落して,今基本操作編を作っております.もうちょっと頑張れば完成しそう. はい,順番逆ですね（笑） なのでおそらく基本操作編のアップ後にマッピングの方をアップすることになりそうです.統合TV は画面のサイズが決まってい…
CLC Workbench の動画 前の金曜日にとりあえず一本うｐ. 導入方法編です.いろいろ入力してダウンロードしてアクティベーションしてねー,っていう. 前にも書いたとおり CLC bio は現在 Main Workbench のライセンス無償提供を実施しているのですが,これが入力…
数理生物とかでよくある ちょっとひねることで面白い挙動を引き出せるモデルというのは実に興味があるのだけれど,いまいち勉強が進まない.生物学系の本として書かれたものは大体議論が飛ばされすぎているし,かといって制御工学などの本を読み始めるとまたそ…
今とりかかっているのは CLC(LCLではない) workbench 関連の動画. このソフト,震災復興支援とのことで日本の研究者に対してライセンスを無料配布中なのである.少し触ってみたところ,生命科学のデータ解析関連でパッと思いつくような機能は大体実装されている…
高校の時の授業で一番覚えているのは国語の授業で,というのも私達を受持っていた先生がこちらの創造力を刺激するような方法を取られていたからであった.つまり,各種の課題として授業の際に非常にたくさん文章を書かせるのである.宿題というものはあまり無か…
別に大したことではないのだけれどメモ. 最近 C++ の Boost ライブラリーを導入してちょっとずつ使い方を覚えていっています.今回 array を使おうと思ったわけですけれど,これは boost::array, 5> ar; のような感じでテンプレート引数としてサイズを指定しま…
放置している間にあれよと時間が過ぎてしまい久しぶりの更新ですが,今回は DBCLS でのお仕事の話です. それ以外の話も書いたりしてちゃんと更新を再開していきたいところではあります. さてさて今回作った統合TVは産総研で開発された発現プロファイルの検索…
