Avadis NGS 動画 RNA-seq 編(だいぶ前に)アップしました

Avadis NGS の使い方〜RNA-seq編〜 です。アップした時にログ書くのをすっかり忘れてました。
http://togotv.dbcls.jp/20111124.html

"Avadis NGS" でググると拙ブログがかなり上位にヒットするという状況に若干のプレッシャーを感じないでもありません。
このソフトウェアの日本でのユーザ人口がどのくらいかわからないのですが、そういう人たちが Avadis NGS でググった場合に結構な確率でこの(方針のよく見えない)ブログがヒットするということも踏まえて、多少動画内容の補足でも書いておきましょう……。

補足というか、言い訳ですね(爆)
今回は適当なデータが無かったので Avadis NGS のサイトから入手できるデモデータを使用したのですが、これに起因してちょっと動画ないで説明をはしょったり妥協した箇所などがありまして……。
データをインポートすると "Interpretation" を作れ、と動画にも注釈を入れましたが、これはデモデータみたいな2つしかデータがない場合は別に何も美味しくないわけですね^^;　3つ4つとデータが増えてきたときに、それらを対照とする基準をぱっぱっと変えるための機能です。
QC はもっと色々なことができるはずなんですが、デモデータにリードのクオリティとかに関する情報がほとんど無かったので QC に関する部分はかなりはしょられておりますm(_ _)m

この動画では実にありきたりな解析手順を追った訳でしかもパラメータなんかことごとくデフォルト値だったわけですが、それでも割りとまあパスウェイ解析の結果とかも妥当な感じになったのがちょっと面白いかなあと思います。
しかし NGS の解析にこういうオールインワンのソフトウェア使ってる研究室とかってどのくらいあるんでしょう……。
NGS のデータ解析やってる研究室に関して個人的に持ってるイメージですが(私が今いるラボも含め)大体は計算機のスキルぶっ飛んだ人がいて自前で解析パイプラインを作ってそう。
逆に、こういったソフトが普及することで、データ解析の際の計算機スキルに関する要求水準が下がる手助けになればもちろんそれは良いことなのですが。生物の知識が豊富な人がやった方が結果を見た時にたくさん情報を得られるという面はありますし。
これからこの業界がどういう風に動くのかと共にこういうソフトの使われ方がちょっと気になったりしています。