Avadis NGS 動画 RNA-seq 編の作成作業にそろそろとりかかれそう

相談してだいたい筋書きも決めた.

デモデータのダウンロードからはじめて,下準備-> Fold Change を見る-> GO 解析及びパスウェイ解析,で一本.
GO 解析はいまいちだったのだが,パスウェイ解析の結果はデモデータとデフォルト設定のパラメータでもある程度妥当なものになる感じである.
Jurkat 細胞とコントロールを比較して,前者の方で発現が大きかったもののパスウェイを見ていると,アポトーシスを抑制する遺伝子がパスウェイのネットワークで重要な位置に来ている.
逆に Jurkat 細胞の方で発現が減少した遺伝子のネットワークで重要な位置にあるのは IL10 で,こちらは調べてみると免疫機能の抑制に働いている.

つまり Jurkat 細胞ではアポトーシスが抑制されており,なおかつ免疫機能を抑制する方向の制御がほとんど働いていない.まさに白血病患者の T 細胞で起きていそうなことが生じていることが分かる.

これ自体が別に新しい内容というわけではないけれど,こういう結果が GUI でスムーズに出せますよ,ということがアピールできるように動画を作りたい.