最後の仕事。 Avadis NGS ChIP-seq 編

作ってから、更に言うとアップしてからも非常に時間が経ってしまったのですが一応アップロードしたので記録。私の統合牧場での最後のお仕事の動画をアップしました。 Avadis NGS の使い方〜ChIP-seq編〜難しいプログラム書けなくたってよくあるタイプの NGS…

2012-03-27

作業ログ--ガリガリ作ってます

とりあえず半分くらいできたところでしょうか。ソフト内で用いられているアルゴリズムについてどの程度まで解説を動画内に盛り込むべきかちょっと思案しています。全部書くとそれだけで動画が終わる(し、そもそも私自身まだよくわかっていない部分もあり)…

2012-03-21

作業ログ-――実際に作り始めました

画面キャプチャして、ちょこちょこっと吹き出しなど入れ始めました。前回の RNA-seq 編とかぶる部分はビシバシとカット。いずれにしてもここで働くのは今年度限り＝来週中には完成させないといけません。がんばろ。

2012-03-05

作業ログ――次の統合 TV の構想決め(2)

Peak Detection の複数用意されているアルゴリズムを走らせてみた。三種類、というのは http://d.hatena.ne.jp/kishu_no_sue/20120221/1329815653 にあるとおりなのですが。Enrichment Region Detection →理屈は単純なので動作が速い。元々のデータを出した…

2012-02-29

作業ログ――次の統合 TV の構想決め

基本的に前回作った RNA-seq 編とかぶる部分(基本操作、クオリティチェック、フィルタリング、GO 解析など)は軽く触れる程度にして ChIP-seq に特に必要な操作に焦点を絞った動画にする予定。つまりピーク検出やモチーフ探索の段に焦点を置いて、パラメータ…

2012-02-22

作業ログ――motif detection に関して

motif detection のアルゴリズムを走らせてみたが何回やってもまともな結果がでない――と思っていたら、リファレンス配列を(本来 hg18 にマッピングされたデータであるにも関わらずに hg19 に)間違えていた。参照される配列が全然違うのでそりゃぁまともなモ…

2012-02-21

作業ログ―― ChIP-seq の peak detection に関して

Avadis NGS には ChIP-seq データの peak detection のやり方について3つの方法が用意されている。ヘルプからそのまま引用すると、 Enriched Region Detection: The algorithm is very fast, but could identify regions where the positive and negative co…

2012-02-01

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今日は基本的に遺伝的アルゴリズムについて勉強して終わり。モチーフ探索に使われている GADEM というアルゴリズムは遺伝的アルゴリズムと EM アルゴリズムを組み合わせたもののようなので。機械学習の手法について勉強するといつも、上手いなあと思う反面…

2012-01-31

本日の作業ログ

Avadis-NGS ChIP-seq 編の下調べ。このソフトではモチーフ探索用のアルゴリズムとして GADEM なるアルゴリズムを用いているようなのですが、それについて論文を読みあさってます。……しかしわからん(´・ω・｀) 遺伝的アルゴリズムが使われているようなのだが…

2012-01-30

次回の動画に向けて

RNA-seq編も作ったしということで、次は Avadis-NGS ChIP-seq 編を作ろうかなどと考えています。 ChIP (クロマチン免疫沈降)とは何ぞやというとこのリンク先を見てもらうとして、この最後の「DNA断片の同定」を NGS で読み取ってリファレンス配列に当ててし…