motif detection のアルゴリズムを走らせてみたが何回やってもまともな結果がでない――と思っていたら、リファレンス配列を(本来 hg18 にマッピングされたデータであるにも関わらずに hg19 に)間違えていた。
参照される配列が全然違うのでそりゃぁまともなモチーフなんか検出されませんよね、という話でして……。リファレンス配列を戻してやれば無事モチーフはまともに検出されるようになりました。
しかし、GADEM アルゴリズムも機械学習的な手法の例に漏れず回すごとに違うモチーフが検出されたりするようです。そういう辺りの直面しやすい問題も含めて動画にする予定。
