Avadis-NGS ChIP-seq 編の下調べ。 このソフトではモチーフ探索用のアルゴリズムとして GADEM なるアルゴリズムを用いているようなのですが、それについて論文を読みあさってます。……しかしわからん(´・ω・｀) 遺伝的アルゴリズムが使われているようなのだが…

RNA-seq編も作ったしということで、次は Avadis-NGS ChIP-seq 編を作ろうかなどと考えています。 ChIP (クロマチン免疫沈降)とは何ぞやというとこのリンク先を見てもらうとして、この最後の「DNA断片の同定」を NGS で読み取ってリファレンス配列に当ててし…

Avadis NGS の使い方〜RNA-seq編〜 です。アップした時にログ書くのをすっかり忘れてました。 http://togotv.dbcls.jp/20111124.html"Avadis NGS" でググると拙ブログがかなり上位にヒットするという状況に若干のプレッシャーを感じないでもありません。 こ…