近藤教授は学術振興会の海外研究員としてバーゼル大学に留学していたのだが,当時は発生学をやっている人たちの間でもチューリング波についてはほとんど知られてもいなかったそうだ. 留学の期間が終わった後,京都大学で免疫関係の研究で助手を務めることにな…
いつもどおりというか 以前から楽しみにしていた講義であったにも関わらず15分ほど遅刻してしまった……. 生活リズムがガタガタな私は木曜の朝起きるといつも意識が混濁しており,一限というのは出れたことすら少ないのである(黒田先生本当にごめんなさい.) 教…
先日のシステム生物学の講義の最終回では近藤滋氏が来られて,お話をしてくださった. 非常に面白い話であったので,これについて講義のメモを元に書いていこうと思う.話の抜け落ちや前後,間違いは多々あると思われるがご容赦を. 近藤滋氏について 話者の近藤滋…
いろいろ忙しさにかまけて更新をサボってしまった. このブログのために勉強時間が無くなるとかいうことがあったら本末転倒であるが,まぁそういうこともないだろうし,それよりも更新しなくなることの方がよろしくない.ということで焼き直しネタではあるのだが…
UCSC Genome Browser の "Regulation" グループ中の "Open Chromatin" アノテーショントラックとしてまとめられているもののこと. 以下の説明はこの "Open Chromatin Track Settings" の画面を元にしているので,見ながらでないとちんぷんかんぷんな箇所があ…
先日も書いたとおり,クロマチンがオープンになっている部位は転写因子が作用しやすくなっており,発現が促進されていると考えられている. クロマチンはオープンになる/ならないの他にも様々な化学的修飾を受けており,これらもまた発現制御に関わりをもつと考…
一昨日からマイクロアレイ実習のタームに入っている. この実習は我々の大学が有り難くも国内の最も多く予算を配分されていることから可能になったものである.マイクロアレイは一枚とるだけで8万くらいかかるのだとか.うひゃぁ.一体CDにしたら何セット買える…
ES細胞について特異的に発現している遺伝子というのはいくつか知られていて,その一つにNanogというやつがある.で,NanogのOpen Chromatin トラックを見るとどうなっているかというと,確かにES細胞ではNanog 上流で非常にクロマチンがオープンになっていること…
DNAは膨大な数のヌクレオチドがつながった(ヒトで2mくらいらしい)高分子であるが,そのままだと細胞に収まらないしブチ切れちゃったりしたら危ない(DNAは強い振動を与える・超音波を当てるなどの物理的操作で簡単に切れる)のでヒストンというタンパク質に巻き…
今日は特に作業を進めてはいない.が昨日の続きを.ただいまUCSCゲノムブラウザーのトラックの使いかたについての解説動画を作ってるわけですが,ただ単に「トラックはここを押すと表示できますよー」なんてものは見て面白くないし,あんまり意味がない.よって何…
タンパク質がどっかの行程で完全に消え失せていたことがわかったよ！タンパク質から切り離したアミノ酸が入ってるはずのスポットから,何も流れていないんだもの.……しかしうちの班は要所要所で大ポカをかますなぁ.実験に用いたタンパク質が作業のどっかで消え…
どっちのトピックも「また次回」で締めてしまった.何という行き当たりばったりっぷり.いやでも多分,ちょっとずつでも書き続けることが大事なんじゃないかなーと…….
現在自分はライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)というところでリサーチアシスタント(RA)という身分でアルバイトをさせていただいている.今のところの自分のお仕事というのはこの統合データベースのサービスの一つ「統合tv」のコンテンツ動画を…
今週の生化学実習では手動でのエドマン分解というものをやっている.これはタンパク質中のアミノ酸をN末端の1残基だけ分解するというもの. そもそも生化学実習というものは,基本的な実験技術・実験の進め方・レポートの書き方etcを学生に学習させることを目的…
アカウントを取ってから実に半年近く放置していたのだが,何も書かないでいてはいつまでも放置したままで終わってしまうと危機感が募ってきたので初エントリを書こうかと思う. このブログは主に自分が勉強している生物情報学及びその周辺のことを,ときどき独…
