今作っている統合tvのこと

現在自分はライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)というところでリサーチアシスタント(RA)という身分でアルバイトをさせていただいている.今のところの自分のお仕事というのはこの統合データベースのサービスの一つ「統合tv」のコンテンツ動画を作る作業.
これは簡単にいうとライフサイエンスの便利なツールで何ができるのか,どういう風に使うのか,を簡単に紹介していって,みんな今の時代なんだからこーいうの使って研究に役立てようぜ！ っていうサービス.
まぁ自分の場合は作りつつ勉強させていただいているような感じではあるのだけれど.

で,現在自分が取り組んでいるのは「UCSC Genome Browser」の使い方に関する解説動画.
そもそもゲノムブラウザーとは何ぞやというと,名前のとおりゲノム配列上を探索できて,そのゲノム配列に関するいろんな情報(アノテーション)を見ることができるツール.
なわけですが,正直実際に見れば解る通り,遺伝子配列自体はもちろんつけられているアノテーションの方も膨大で,正直ぽんとこれを見せられても何だかようわからんわけです.
まぁゲノムブラウザーをバリバリ使いこなしている人はこういった動画は見ないとして,この動画を見る(見て欲しい)人ってのは「ゲノムブラウザーが役に立つ研究をしている or 将来することになるけど,存在を知らない or 何に使えるか把握していない人」ということになる.そういった人の一助になることを目指して作っている.つもり.

今回はこのゲノムブラウザーの機能の中でも,特にアノテーショントラックの使い方について,ES細胞の発現制御を題材にして作っています.その題材自体は何でも良かったけれど.例えばアセトアルデヒド分解酵素がどの部位でよく発現しているかとかそんな話でも.まぁその辺りは良いとして.
動画にするに辺り,大筋としてはES細胞での発現が知られる遺伝子(NANOGとかMYCとか)の Open Chromatin のトラックを見ていって,この辺りの遺伝子はES細胞でだけよく発現してるよねー,みたいな感じにしたかったわけ.そういうわけなんだけれどまぁちょっと話はそう単純にはいかないところがあって.

でも時間も遅くなってきたのでまた次回ということにする.