Avadis NGS 動画 RNA-seq 編への下調べ

Avadis NGS 動画,次は RNA-seq 編をつくろうと考えているのでその下調べ,構想練り中.
Avadis NGS のサイトではソフトの試用のためのデモデータが提供されている(登録しないと見れないページ).そのデータは元々,論文"Detection of single nucleotide variations in expressed exons of the human genome using RNA-Seq"Nucleic Acids Res; 37(16) (2009), by Chepelev I, Wei G, Tang Q, Zhao K. で発表されたものであるらしい.
まあ別にデータはこれを使う必要は無いわけだけれど,動画見た人がやってみようと思ったときに入手しやすいデータの方がやっぱり良いでしょう.

元々の論文を読んでみる

簡単にまとめてしまうと Jurkat T cells (リンパ芽細胞性白血病の細胞株)と CD4+ T cells の RNA-seq を比較して SNV が結構見つかったよ,新しいのもいっぱい見つかったよ,そしてどうもゲノム配列の方は変化してないから, RNA editing が関係してるのじゃないかしら,といったところで.

どうやら SNVs の探索しかやっていないようで発現量についてはあまり触れられていない.この辺りまで含めてひと通りやってイケてる可視化をして,くらいのことをやれば紹介動画としては万々歳な気がしておりますが如何でしょうかねえ.

この論文の通りの計算式によるSNVの認識とかって Avadis NGS で出来るんでしょうか.ちょっとそのあたりも調べてみないと.